En CATSA con el objetivo agronómico y ambiental de obtener el beneficio de la rotación entre cultivos, se mantiene desde hace más de 10 años un programa de rotación arroz anegado – caña de azúcar. Como mínimo se destinan 500 hectáreas por año para dicho programa. Como beneficios importantes para la caña de azúcar, entre estos un incremento en la primera cosecha hasta de un 30% en el rendimiento agrícola. Producto de la reducción significativa en la población de plagas de suelo y algunas especie de malezas. Así como la disponibilidad en el suelo de algunos nutrimentos como el fósforo y potasio. Por otro lado, el cultivo del arroz se aprovecha con una reducción en el impacto de enfermedades, menor toxicidad de hierro, eliminación de malezas acuáticas y disminución del contaminante arroz rojo. Desde luego, el mayor beneficiado con esta práctica es el ambiente, ya que se reduce considerablemente la utilización de agroquímicos en el manejo ambos cultivos.